Tiltækt hugbúnaðarumhverfi

Þessi síða útlistar þá hugbúnaðarstafla sem eru tiltækir notendum og einingu stjórnanda sem notaður er til að hlaða inn viðkomandi hugbúnaði.

EasyBuild staflar

Tiltækar EasyBuild-stafla eru tengdar við stýrikerfissöfn og rekla(e. drivers) með því að nota EasyBuild. Staflatréið byrjar með þýðandaumhverfi (þ.e. GCC-útgáfa). Stöflunum er stjórnað með einingastjóranum Lmod. Almennt séð er nóg að hlaða hugbúnaðareiningu til að gera hugbúnaðinn tilbúinn til notkunar. Þegar einingu er rétt hlaðið inn bætir hún við nauðsynlegum tvíundaslóðum(e. binary paths) og hleður inn öllum háðum pökkum.

Til þess að nota þýðandaumhverfi til að setja saman þinn eigin hugbúnað gæti þurft að hlaða inn nokkrum einingum í einu. Sjá hér til að setja saman / þróunarleiðbeiningar.

Notkun Lmod

Aðalskipunin til að nota eininga stjórnandann er module (eða ml í stuttu máli). Listi yfir valkosti er fáanlegur með því að slá inn:

[..]$ module --help

Til að sjá lista yfir aðgengilegar einingar skrifaðu þá:

[..]$ module avail

Til að fá fullan lista, sem inniheldur háða pakka fyrir allan hugbúnaðin, skrifaðu þá:

[..]$ module --show-hidden avail

Þessi skipun getur líka gefið upplýsingar um ákveðin hugbúnað og allar þær útgáfur sem eru í boði, til dæmis:

[..]$ module avail Anaconda3
   Anaconda3/2021.11 (D)	Anaconda3/2022.05

Hlaða inn eniningu

Til að hlaða inn einingu skrifaðu þá:

[..]$ module load Anaconda3

Í þessu tilfelli mun stjórnandin hlaða inn sjálfgefinni(e. default) einingu (D). Til að fá lista af þeim einingum sem þú hefur hlaðið inn skrifaðu:

[..]$ module list
Currently Loaded Modules:
  1) Anaconda3/2021.11

Þú getur hlaðið inn eins mörgum einingum hvenær sem er eftir þinni hentisemi. Athugið að sumar einingar geta stangast við hvor aðrara.

Ef þú vilt skipta úr einni tiltekinni útgáfu yfir í aðra skrifaðu:

[..]$ module switch Anaconda3/2021.11 Anaconda3/2022.05

Til að afferma einingu skrifaðu:

[..]$ module unload Anaconda3

Ef þú vilt hreinsa burt allar einingar:

[..]$ module purge

Geymsla Eininga Umhverfis

Þegar þú hefur hlaðið inn því mengi eininga sem þú notar reglulega getur verið gott að vist mengið, til dæmis:

[..]$ module save env1                                                   

þar sem env1 er bara dæmi um nafn. Í framtíðar lotu geturðu endurhlaðið viðéigandi umhverfi með því að skrifa:

[..]$ module restore env1

Til að sjá lista af vistuðum einingum skrifaðu þá:

[..]$ module savelist
Named collection list :
  1) default  2) env1

Forsmíðuð umhverfi

Sum pakkaumhverfi eru sjálfgefið hlaðin inn, önnur þarf að hlaða inn handvirkt. Sjá lista yfir forsmíðuð pakkaumhverfi sem lýst er hér að neðan.

libsci-gcc

ibsci-gcc tréð býður upp á samansafn af ókeypis og opnum hugbúnaði sem býður upp á almennt notuð töluleg söfn fyrir vísindahugbúnað og forrit. Það byrjar á GCC-11.2.0 og er staðsett í /hpcapps/libsci-gcc/.

Forsmíðaður hugbúnaður

GCC/OpenMPI

Modules	Version	Toolchain
ASE	3.2.2	system
ASE	3.23.0b1	dev
Autotools	20210726	GCCcore-11.2.0
Brotli	1.0.9	GCCcore-11.2.0
DBus	1.13.18	GCCcore-11.2.0
EasyBuild	4.5.4
Eigen	3.4.0	GCCcore-11.2.0
FFTW	3.3.10	gompi-2021b
FLTK	1.3.7	GCCcore-11.2.0
GCC	11.2.0
GCCcore	11.2.0
GPAW	22.8.0	foss-2021b
Go	1.20.2	system
Gurobi	10.0.0
OpenBLAS	0.3.18	GCC-11.2.0
OpenMPI	4.1.1	GCC-11.2.0
PISM	2.0.6	System
Python	3.9.6	GCCcore-11.2.0
SQLite	3.36	GCCcore-11.2.0
ScaLAPACK	2.1.0	gompi-2021-fb
VASP	6.3.2	foss-2021b
VASP	6.3.2	nvhpc
VaspBeef	6.3.2	foss-2021b
Xauth	1.0.9
foss	2021b
gompi	2021b
intltool	0.51.0	GCCcore-11.2.0
libbeef	6.3.2	system
libxc	5.1.6	GCC-11.2.0
nodejs	14.17.6	GCCcore-11.2.0
petsc	3.18	system
pkgconf	1.8.0	GCCcore-11.2.0
udunits	2.2.28	system
util-linux	2.37	GCCcore-11.2.0
xprop	1.2.5	GCCcore-11.2.0
zstd	1.5.0	GCCcore-11.2.0

Python inniheldur Numpy og Scipy tengt við OpenBLAS og FFTW.

libbio-gpu

Þetta tré býður upp á samansafn af ókeypis og opnum hugbúnaði sem býdur upp á almennt notuð tölug söfn fyrir vísindahugbúnað og forrit, það byrjar á GCC-11.3.0 og er staðsett í /hpcapps/libbio-gpu.

Til að hlaða inn þessu pakkaumhverfi skrifaru:

[..]$ module use /hpcapps/libbio-gpu/modules/all

Einingarnar eru nú fáanlegar og hægt er að skoða þær með því að slá inn

[..]$ module avail

Forsmíðaður hugbúnaður

GCC/OpenMPI

Modules	Version	Toolchain
AlphaFold	2.3.0	system
aria2	1.36.0	system
BLIS	0.9.0	GCC-11.3.0
Bazel	5.1.1	GCCcore-11.3.0
Biopython	1.80	foss-2022a
BLIS	0.9.0	GCC-11.3.0
CMake	3.23.1	GCCcore-11.3.0
CUDA	11.7.0
Doxygen	1.9.1	GCCcore-11.3.0
EasyBuild	4.6.2
FFTW.MPI	3.3.10	gompi-2022a
FFTW	3.3.10	GCCcore-11.3.0
FFmpeg	4.4.2	GCCcore-11.3.0
FLEXIBLAS	3.2.0	GCCcore-11.3.0
FriBidi	1.0.12	GCCcore-11.3.0
GCC	11.3.0
GCCcore	11.3.0
Kalign	3.3.2	GCCcore-11.3.0
NCCL	2.12.12	GCCcore-11.3.0-CUDA-11.7.0
NVHPC	22.5
ORCA	5.0.3
OpenBLAS	0.3.20	GCC-11.3.0
OpenMM	7.7.0	CUDA-11.7
OpenMPI	4.1.4	GCC-11.3.0
PyTorch	1.12.0	foss-2022a-CUDA-11.7.0
Python	3.10.4	GCCcore-11.3.0
QuantumEspresso	7.1	foss-2022a
SWIG	4.0.2	GCCcore-11.3.0
ScaLAPACK	2.2.0	gompi-2022a-fb
TensorRT	8.4.3.1	CUDA-11.7
Tkinter	3.10.4	GCCcore-11.3.0
X11	20220504	GCCcore-11.3.0
aria2	1.36.0
crest	2.12	foss-2022a
cuDNN	8.4.1.50	CUDA-11.7.0
foss	2022a
gettext	0.21	GCCcore-11.3.0
gompi	2022a
hh-suite	3.3.0	GCCcore-11.3.0
hmmer	3.3.2	GCCcore-11.3.0
libiconv	1.17	GCCcore-11.3.0
libtool	2.4.7	GCCcore-11.3.0
ncurses	6.3	GCCcore-11.3.0
protobuf	3.22	dev
rpmrebuild	2.11
xtb	6.5.1	foss-2022a

lib-mimir

libsci-mimir tréið býður upp á samansafn af ókeypis og opnum hugbúnaði sem býður upp á almennt notuð töluleg söfn fyrir vísindahugbúnað og forrit. Það byrjar á GCC-11.2.0 og er staðsett í /hpcapps/lib-mimir/.

Forsmíðaður hugbúnaður

Modules	Version	Toolchain
Anaconda3	2021.11
Anaconda3	2022.05
BCFtools	1.14	GCC-11.2.0
BEDTools	2.30.0	GCC-11.2.0
BamTools	2.5.2	GCC-11.2.0
Biopython	1.79	foss-2021b
Bowtie2	2.4.4	GCC-11.2.0
CMake	3.22.1	GCCcore-11.2.0
CellRanger	7.0.0
Dorado	0.1.1
EasyBuild	4.6.0
FastQC	0.11.9	Java-11
GNU-parallel	20221022
HISAT2	2.2.1	gompi-2021b
HTSlib	1.14	GCC-11.2.0
Java	11.0.2
Java	15.0.1
MACS2	2.2.7.1	foss-2021b
MIB	glnx64
Perl	5.34.0	GCCcore-11.2.0
R	4.1.2	foss-2021b
SAMtools	1.15	GCC-11.2.0
SEACR	1.3
SRA-Toolkit	3.0.0
TrimGalore	0.6.7
VCFtools	0.1.16	GCC-11.2.0
bcl-convert	3.6.3
bcl2fastq2	2.20.0	GCC-11.2.0
bzip2	1.0.8	GCCcore-11.2.0
cutadapt	4.1
deepTools	3.5.1	foss-2021b
file	5.41	GCCcore-11.2.0
kallisto	0.48.0
matplotlib	3.4.3	foss-2021b
megalodon	2.3.0
minimap2	2.24	GCCcore-11.2.0
modbam2bed	0.6.2
nanopolish	0.14.0
ont-guppy	6.2.1
picard	2.26.10	Java-15
remora	1.1.1
stacks	2.62
subread-featureCounts	2.0.3
wigToBigWig	4

libsci-intel

Þetta tré býður upp á samansafn af ókeypis og opnum hugbúnaði sem býður upp á almennt notuð töluleg söfn fyrir vísindahugbúnað og forrit. Það byrjar á GCC-11.2.0, og er staðsett í /hpcapps/libsci-intel/.

Til að hlaða inn pakkaumhverfinu slærð þú inn

[..]$ module use /hpcapps/libsci-intel/modules/all

Einingarnar eru nú fáanlegar og hægt er að skoða þær með því að slá inn

[..]$ module avail

Forsmíðaður hugbúnaður

Modules	Version	Toolchain
Automake	1.16.5	GCCcore-12.2.0
Autotools	20220317	GCCcore-12.2.0
EasyBuild	4.7.0
GCCcore	12.2.0
Perl	5.36.0	GCCcore-12.2.0
expat	2.4.9	GCCcore-12.2.0
groff	1.22.4	GCCcore-12.2.0
iimpi	2022b
imkl	2022.2.1
impi	2021.7.1	intel-compilers-2022.2.1
intel-compilers	2022.2.1
libreadline	8.2	GCCcore-12.2.0
libtool	2.4.7	GCCcore-12.2.0
ncurses	6.3	GCCcore-12.2.0
numactl	2.0.16	GCCcore-12.2.0
pkgconf	1.9.3	GCCcore-12.2.0
zlib	1.2.12	GCCcore-12.2.0

libsci-amd

Þetta tré býður upp á samansafn af ókeypis og opnum hugbúnaði sem býður upp á almennt notuð töluleg söfn fyrir vísindahugbúnað og forrit. Það byrjar á GCC-11.2.0, og er staðsett í /hpcapps/libsci-amd/.

Forsmíðaður hugbúnaður

Modules	Version	Toolchain
EasyBuild	4.6.2

libsci-nvhpc

Þetta tré býður upp á samansafn af ókeypis og opnum hugbúnaði sem býður upp á almennt notuð töluleg söfn fyrir vísindahugbúnað og forrit, það byrjar á GCC-11.2.0 og er staðsett í /hpcapps/libsci-nvhpc/.

Forsmíðaður hugbúnaður

Modules	Version	Toolchain
VASP	6.3.2	nvhpc