Jupyterlab á Elja

Þessar leiðbeiningar sýna þér hvernig á að setja upp vafralaust Jupyterlab á reiknihnút, og hvernig á ád tengjast honum með vafra frá staðbundinni tölvu. Þetat er gert í fjórum skrefum. and how to connect to it with a browser on your local computer. This is accomplished in four steps.

Eftir farandi leiðbeinangar virka á Linx/MacOS kerfum. Munið að breyta uname í notandanafnið þitt.

1) Stja upp Jupyterlab með Conda:

Skráðu þig inn á Elju og settu upp Jupyterlab umhverfið þitt með conda.

[..]$ module load Anaconda3/2022.05
[..]$ conda create -y -p $HOME/conda/env_jupyter
[..]$ conda activate $HOME/conda/env_jupyter
[..]$ conda install -c conda-forge jupyterlab

Athugið

Það er mikilvægt að smíða alla pakka á innskráningarhnútinum áður en umhverfið er keyrt á reiknihnút

Í þessu dæmi setjum við upp Python og tsne pakkana fyrir Jupyterlab umhverfið.

[..]$ conda install python=3.9
[..]$ pip install --upgrade pip wheel setuptools
[..]$ pip install jupyter
[..]$ conda install -c conda-forge tsne

2) Opna gagnvirka keyrslu og keyra Jupyterlab Bókina.

In this example 24 cores of a compute node from partition pname is requested with 3.9Gb per core.

$ srun --job-name "Jupyterlab" --partition <pname> --cpus-per-task 24 --mem-per-cpu 3900 --time 1-00:00:00 --pty bash

Athugið

Það er mikilvægt að stilla fjölda kjarna (og minni á hvern kjarna) eftir þínum þörfum! Ekki úthluta óþarfa vinnsluorku. Sjá hér fyrir skiptingu og forskriftir.

Virkjaðu jupyterlab umhverfið

[<uname>@compute-#]$ module load Anaconda/2022.05
[<uname>@compute-#]$ conda activate $HOME/conda/env_jupyter

Settu upp jupyterlab minnisbók á hnútinn, án vafra

[<uname>@compute-#]$ jupyter-lab --port 8888 --no-browser

There will be a lot of output, but the important output is the second to last jupyterlab url underlined here:

3) Stofnaðu göng að reiknihnútnum

Opnaðu nýjan skipanaglugga á tölvunni þinni og stofnaðu tvöföld göng

[..]$ ssh -t -t <uname>@elja.hi.is -L 8888:localhost:8888 ssh compute-# -L 8888:localhost:8888

Athugaðu að compute-# verður að passa við nafn og númer reiknihnútsins sem úthlutað er fyrir gagnvirku keyrsluna.

Skildu skipanagluggan eftir opinn og opnaðu vafra á tölvunni þinni.

4) Opnaðu Jupyterlab-Notebook á tölvunni þinni

Þú getur nú opnað vafra á tölvunni þinni og afritað jupyterlab slóðina í vafrann þinn:

Ýttu á enter og jupyterlab minnisbókin þín, sem keyrir á tölvuhnútnum, er nú virk í staðbundnum vafra þínum:

Athugið

Það getur gerst að gáttin 8888 sé upptekin einhvers staðar á kerfi. Í þessu tilfelli skaltu einfaldlega velja annað (svipað) gáttarnúmer, til dæmis 8889, og byrja aftur á því að virkja jupyter-lab minnisbók, síðasta hluta skrefs 2), fylgt eftir með endurtekningu af skrefum 3) og 4)